Les fondements ont été posés en 1292 à la demande de l’archevêque de Novgorod qui s’appelait Clément (Klimente). La cathédrale a des éléments architecturaux de l’Europe occidentale qui témoignent des communications de Novgorod et de l’Europe occidentale dans le domaine de l’art. Un sentiment de solidité et de l'unité de l'image du temple peut être transmis avec les paroles d’un scribe russe « comme une seule pierre ». L’église est construite sur le lieu où selon la légende l’icône de Nicolas de Myre a été obtenue. Cette icône a guéri le prince Mstislav qui après cela a demandé de construire la cathédrale Saint-Nicolas, temple princier à la Cour de Yaroslav.

La cathédrale se situe sur l’île Lipno – une des îles dans la delte de la rivière Msta. Il est possible d’y aller par l’eau: en bateau ou bateau à moteur. 

St. Nicholas church on the Island of Lipno from Hippo on Vimeo.